Nëse kafeja, sapo zgjoheni, nuk shoqërohet me ndonjë ushqim, është një ves i keq, jo për shkak të kafesë, por për shkak të mungesës së ushqimit. Në fakt, mëngjesi është një vakt thelbësor dhe anashkalimi i tij përfshin një sërë kushtesh të pafavorshme, duke përfshirë shtimin e peshës trupore. Pra, zakoni i pirjes së një kafeje para ushqimit është i keq. Një mëngjes mund të fillojë të quhet i tillë kur siguron të paktën 20 për qind të kalorive për të gjithë ditën (për shembull, të paktën 400 kcal, më mirë akoma 500, për një kërkesë hipotetike prej dy mijë kcal).
Ekziston një mendim i përhapur se kafeja me stomakun bosh është e keqe sepse është acid dhe se ndikimi i saj mund të zbutet me pak qumësht ose krem, por në realitet nuk është kështu. Në fakt, kafeja nuk mund të mos përkufizohet si acid, por është qartësisht më pak acid se mjedisi i stomakut dhe më pak acid, për shembull, se domatet. Pra, problemi nuk është vetë aciditeti i kafesë: përkundrazi duhet të kemi parasysh faktin që kafeja stimulon sekretimin e lëngut acid nëpërmjet prodhimit të gastrinës.
Megjithatë, stomaku, pikërisht sepse ka një pH shumë të ulët (pH është njësia me të cilën matet aciditeti: sa më i vogël numri, aq më i lartë është aciditeti) është i mbrojtur mirë, pikërisht sepse kryen funksionin e tij duke shfrytëzuar aciditetin që ai vetë prodhon. Për t’u mbrojtur, stomaku përveç sekretimit të acidit prodhon edhe një shtresë mukusi, e cila mbulon murin duke e izoluar atë dhe duke e mbrojtur nga mjedisi acid. Është ai film i mukusit që mund të “shpohet” në kushte të caktuara: konsumimi i alkoolit dhe i barnave të caktuara, siç janë antiinflamatorët e zakonshëm, të cilët, siç dihet, shkaktojnë urth si efekt anësor dhe për këtë arsye këshillohet që. Merrni ato gjatë ose së bashku me vaktet. Por kafeja nuk shkakton dëme në filmin e mukozës.
Më pas u supozua se, nëse konsumohet vetëm, kafeja mund të shkaktojë refluks ezofageal pasi jo vetëm që stimulon sekretimin e acidit, por njëkohësisht ul kontinencën e sfinkterit të ezofagut. Pavarësisht nëse merret me stomak bosh apo jo, kafeja ushtron një sërë funksionesh interesante në traktin e zorrëve. Në fakt, kafeina, si dhe metilksantinat e tjera, është në gjendje të reduktojë gurët në fshikëz e tëmthit, duke stimuluar thithjen e acideve biliare në zorrë dhe mëlçi. Për më tepër, konsumimi i kafesë duket se ka efekte pozitive edhe në mikrobiotën e zorrëve, pasi stimulon prodhimin e baktereve të mira në kurriz të baktereve të këqija dhe mund të jetë përmes këtij mekanizmi që kafeja redukton rrezikun e sëmundjeve të ndryshme, nga diabeti te obeziteti, deri tek Parkinson.